Très tôt, Couëron doit sa prospérité à la proximité du fleuve. Les premiers habitants connus datent des époques gallo-romaines.
Le Moyen Age voit les fiefs se multiplier. Mais, au XVe siècle la ville devient domaine ducal et le château de Beaulieu revient à Marguerite d’Orléans, grand-mère de la Duchesse Anne de Bretagne.
En 1488, Couëron est le théâtre de la reddition de la Bretagne face à la couronne de France. La Bretagne perd son indépendance avec la signature du traité de paix par le roi Charles VIII et le duc François II. Ce dernier meurt 8 jours plus tard.
Au XVIIIe siècle, Couëron devient, avec Port Launay, le port avancé de Nantes capable d’accueillir des navires en eaux profondes. Son activité économique et industrielle se développe alors très rapidement, avec notamment l’installation de verrerie, biscuiterie, briquèterie mais surtout d’une fonderie de plomb. Cette dernière nécessite une forte main d’œuvre qui fait défaut. C’est pourquoi, il faut faire appel à l’immigration constituée, pour l’essentiel, de polonais et dans une moindre mesure d’espagnols, d’italiens et de russes.
Afin de loger rapidement cet afflux de main d’œuvre, les cités de Bessonneau et du Bossis sont construites en bois pour la première et en pierre pour la seconde.
Couëron est dotée de demeures prestigieuses liées à son histoire bretonne avec les châteaux de Bougon et de Beaulieu.
Le passé industriel de la commune a également laissé quelques vestiges, notamment la cale du port Launay ainsi qu’une tour de plomb. En effet, la Société des fonderies et laminoirs voit le jour en 1860 sur les bords de Loire. La tour est édifiée en 1878 pour la fabrication du plomb de chasse. Le plomb, fondu à 300 °C, est déposé sur des cribles et les gouttes ainsi formées s’écoulent de l’étage supérieur de la tour.
Pour les amateurs d’ornithologie, le marais Audubon constitue un espace naturel propice à l’observation de nombreuses espèces d’oiseaux. Le célèbre naturaliste Jean-Jacques Audubon, auteur de dessins des oiseaux d’Amérique du Nord, y passe une partie de sa jeunesse à observer la faune et flore, avant son départ pour les Etats-Unis.
La commune dispose de deux marchés. La place Charles de Gaulle accueille les chalands le jeudi matin, offrant à ses habitants un large choix de produits locaux et d’ailleurs. La marché de la Chabossière, pour sa part, se tient place des cités le samedi matin.